9. 清洁和消毒
由于剩余的培养基可能会使微生物生长繁殖，因此在实验结束时，包括仪器设备在内的生物安全柜里的所有物品都应清除表面污染，并移出安全柜。
在每次使用前后，要清除生物安全柜内表面的污染。工作台面和内壁要用消毒剂进行擦拭，所用的消毒剂要能够杀死安全柜里可能发现的任何微生物。在每天试验结束时，应擦拭生物安全柜的工作台面，四周以及玻璃的内外侧等部位来清除表面的污染。在对目标生物体有效时，可以采用漂白剂溶液或70%酒精来消毒。在使用如漂白剂等腐蚀性消毒剂后，还必须用无菌水再次进行擦拭。
苏州伟拓净化设备推荐将安全柜一直维持运行状态。如果要关闭的话，则应在关机前运行5分钟 以净化内部的气体。
10. 清除污染
生物安全柜在移动以及更换过滤器之前，必须清除污染。常用的方法是采用甲醛蒸汽熏蒸。苏州伟拓净化设备表示，应该由有资质的人员来清除生物安全柜的污染。
11. 个体防护装备
苏州伟拓净化设备强调，在使用生物安全柜时应穿着个体防护服。在进行一级和二级生物安全水平的操作时，可穿着普通试验服。前面加固处理的反背式试验隔离衣具有更好的防护效果，应在进行三级和四级生物安全水平(防护服型实验室除外)的操作时使用。手套应套在隔离衣的外面，可以戴加有松紧带的套袖来保护研究人员的手腕。有些操作可能还需要戴口罩和安全眼镜。
12. 警报器
可以在两种警报器中选择一种来装备生物安全柜。窗式警报器只能装在带有滑动窗的安全柜上。发出警报时表明操作者将滑动窗移到了不当的位置。处理这种警报时，只要将滑动窗移到适宜的位置就可以了。气流警报器报警时，表明安全柜的正常气流模式受到了干扰，操作者或物品当即处于危险状态。当气流警报响起时，应立刻停止工作，并通知实验室主管。生产商的说明手册中将提供更详细的资料，在生物安全柜的使用培训中也应包括这一方面的内容。